През 2003 ЦСКА печели първата титла за века. Стойчо Младенов е назначен за старши треньор, а в редиците на армейците са привлечени редица нови попълнения, сред които и най-добрите български таланти в момента – Емил Гъргоров и Велизар Димитров. Така окомплектованият състав на ЦСКА започва шеметно в първенството и през целия есенен дял записва само победи – 13 от 13 възможни.
Вечният съперник пък е победен с класическото 3:0 на „Българска армия“ – два гола на Макдоналд Мукаси и един на Светослав Петров. В крайна сметка ЦСКА през пролетта стига без особени проблеми до титлата, като тя е узаконена именно срещу Левски и то на ст. „Георги Аспарухов“ в мач, който завършва 1:1 с гол на Жоао Паоло Брито.
През 2005г. ЦСКА става шампион под ръководството на сръбския наставник Миодраг Йешич.
През 2008г. е последната засега титла на отбора. Старши треньор отново е Стойчо Младенов, а ЦСКА завършва на рекордните 16т. пред втория в класирането.
Големите фигури на ЦСКА през тези години са Христо Янев, Емил Гъргоров, Велизар Димитров, Валентин Илиев, Тодор Янчев.
И отново някак си закономерно и по традиция от ЦСКА тръгва кариерата на последните три големи звезди на българския футбол - Димитър Бербатов, Мартин Петров и Стилиян Петров.